Особенности функциональной аннотации генов предрасположенности к ревматоидному артриту при использовании Cytoscape

Abstract

Цель. Оценить функциональную аннотацию генов, ассоциированных с ревматоидным артритом, при разных параметрах инструмента ClueGO Cytoscape. Материалы и методы. Гены предрасположенности к ревматоидному артриту были извлечены из публичной базы данных GWAS (каталог ассоциаций однонуклеотидных полиморфизмов с заболеваниями). Генная онтология (Gene Ontology, GO) - функциональная аннотация генов была произведена с помощью алгоритма, реализованного в Cytoscape ClueGO. Результаты. Рассмотрены особенности выполнения функциональной аннотации с помощью плагина ClueGO при разных условиях формирования функциональных групп. В зависимости от исходных параметров, задаваемых в плагине, группировка терминов согласно генной онтологии осуществляется с различной долей обобщения. Меньшее минимальное число генов в группе позволяет сформировать большее число групп, что дает возможность получить более детальную функциональную характеристику. Заключение. Полученные варианты результатов функциональной аннотации могут быть востребованы для дальнейших исследований генетических механизмов ревматоидного артрита.

Aim. To evaluate the functional annotation of genes associated with rheumatoid arthritis with different parameters of the ClueGO Cytoscape tool. Materials and methods. Genes of susceptibility to rheumatoid arthritis were extracted from publicly available database GWAS (catalog of associations of single nucleotide polymorphisms with diseases). The Gene Ontology (GO), the functional annotation of genes, was performed using Cytoscape ClueGO. The features of the functional annotation using the plugin ClueGO Cytoscape were analyzed. Results. Depending on the initial parameters specified in the plugin, the grouping of terms according to the gene ontology was carried out with a different degree of generalization. A smaller minimum number of genes in a group allows to form a larger number of groups, which makes it possible to obtain more detailed functional characteristics. Conclusion. The results obtained with different grouping options can be useful for further studies of genetic mechanisms of rheumatoid arthritis.